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Rastop - Origine de la drépanocytose

sml_1ere.gif

La drépanocytose est une maladie génétique qui affecte les molécules d'hémoglobine des hématies. A l'échelle cellulaire, celles-ci sont déformées suite à la polymérisation des molécules d'hémoglobine dans le cytoplasme (qui forment alors des baguettes rigides).

L'origine de la maladie est une mutation ponctuelle affectant le sixième triplet de nucléotides (GAG → GTG). Il en résulte un changement du 6ème acide aminé (acide glutamique → valine).

drepanocytose1.jpg

On peut remarquer que sur la capture d'image Anagène, c'est le 7ème acide aminé qui est modifié. Il faut rappeler que dans la protéine mature, il y a perte du premier acide aminé. C'est donc bien sur le 6ème AA qu'il faudra se focaliser sous Rastop.

Chimiquement, on sait que l'acide glutamique est un acide aminé hydrophile (polaire) alors que la valine est un acide aminé hydrophobe. On a également mis en évidence que les acides aminés Phe85 et Leu88 pourraient être impliqués dans le processus de polymérisation.

L'objectif du travail sous Rastop présenté ci-dessous est de montrer comment le remplacement d'un acide aminé par un autre rend possible la polymérisation de l'hémoglobine.

Logo_min.gif Charger les fichiers HbA.pdb, HbS.pdb et HbS-HbS.pdb ; éventuellement afficher les molécules côte à côte.

Logo_min.gif Pour les fichiers HbA et HbS, colorier l'intégralité de la molécule en blanc, mettre en évidence  l'acide aminé numéro 6 (sphères de Van der Waals). Vérifier que l'AA n°6 est bien respectivement Glu ou Val.

Logo_min.gif Pour HbA, colorier en bleu les acides aminés polaires ; pour HbS colorier en vert les acides aminés hydrophobes ; vérifier les propriétés chimiques des AA numéro 6.

Logo_min.gif Pour HbS, restreindre l'affichage à une seule chaîne bêta (chaîne B ou D) ; mettre en évidence les acides aminés Val6 ; Phe85 et Leu88.

Logo_min.gif Pour Hbs-Hbs, mettre en évidence les acides aminés Val6 ; Phe85 et Leu88.

Logo_min.gif Mesurer la distance entre Val6 d'une part et Phe85 ou Leu88 pour chercher si ces acides aminés peuvent interagir entre eux (il faut que la distance soit inférieure à 10 Angström pour qu'il puisse y avoir interaction).

 

Procédure

Date de création : 18/06/2014 @ 12:05
Dernière modification : 18/06/2014 @ 15:31
Catégorie : Rastop
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